История этого города начинается в 72 году до нашей эры, когда римский император Помпей, возвращаясь с победной кампанией из Испании основывает здесь город Lugdunum Convenarum.
Современные археологические раскопки позволили раскрыть величие бывшего античного города, численность населения которого насчитывало около 10 000 человек в первой половине II века.
Храм, посвященный культу императора; форум; термальные построения, с бассейном и ваннами для теплой и холодной воды; амфитеатр, а также многочисленные предметы и рукописи – все это свидетельствует об экономической и политической значимости города в этот период.
Набеги вандалов в начале V века вынудили местных жителей переселиться в верхнюю часть города, укрывшись за крепостными стенами.
Возрождение города в начале XI века связано с именем епископа Бертрана-де-л'Исль. Он не только возродил и реформировал духовную жизнь в доверенной ему епархии, но и воздвиг на руинах бывшего укрепленного лагеря собор и клуатр.
Популярность и любовь к епископу среди местных жителей была так велика, что после его смерти желание прикоснуться к мощам святого Бертрана положило начало паломническому движению. В XIII веке епископ Бертран-де-л'Исль был канонизирован католической церковью, а его именем был назван возрожденный им город.
В конце XIII –начале XIV века епископ Бертран-де-Гот принимает решение расширить существующий собор, для того, чтобы обеспечить достойный приём постоянно возрастающему количеству паломников. Провозглашенный в 1305 году Папой Клементием V он проводит в Сэн-Бертран-де-Коммэнж великую церемонию «возвышения» святых мощей, соединив тем самым понятия святого празднования и паломничества через отпущение грехов. Эта церемония официально закрепила поклонение святым реликвиям и дала новый толчок в экономико-политическом развитии города и расширении собора. Именно в этот период был заложен главный готический неф .
После тяжелого для графства Коммэнж периода Столетней войны, XVI век несёт с собой новые преобразования. Это период Ренессанса. Епископ Жан-де-Молеон основывает в 1531 году братство «Сэн-Бертрана», обеспечивает регулярность церковных служб, устанавливает в соборе орган, витражи, новый алтарь. Кроме этого он возводит в самом центре собора деревянное сооружение с креслами и алтарем для канноников, что позволяет отделить пространство для свободного перемещения паломников и место, предназначенное для богослужений.
Во времена Французской Революции епархия Коммэнж была упразнена, собор Сэн-Бертран был подвергнут страшной реквизиции, а город потерял своё имя и был переименован в «Верхний город».
В наше время Сэн-Бертран-де-Коммэнж занимает важное место в культурно-исторической жизни региона. Реставрация собора, а также восстановление витражей и органа, культурное возрождение города, многочисленные концерты и спектакли привлекают внимание и интерес не только местных жителей, но и туристов со всего мира.
Ежегодный летний фестиваль «Festival du Comminges» объединяет исполнителей из разных стран.